La Universidad de Medicina Tradicional China de Anhui se fundó en 1959; su predecesora fue el Curso de Formación en Medicina Tradicional China de la provincia de Anhui, establecido en 1952. En 1959, el gobierno provincial de Anhui aprobó oficialmente la creación del Colegio de Medicina Tradicional China de Anhui. En 1970, el colegio se fusionó con el Colegio Médico de Anhui. En 1975, el Ministerio de Educación aprobó su restauración. En 2000 se incorporó la Escuela Médica de Anhui. En 2011, el gobierno provincial aprobó la creación, sobre esa base, de la Academia de Ciencias de la Medicina Tradicional China de Anhui. En 2013, el Ministerio de Educación aprobó su cambio de nombre a Universidad de Medicina Tradicional China de Anhui.

La universidad es base nacional de investigación clínica en medicina tradicional china, base nacional de cooperación internacional en medicina tradicional china y base nacional de investigación clínica de medicamentos, con autorización para otorgar títulos de doctorado y para recomendar estudiantes de maestría sin examen de ingreso. Cuenta con cuatro campus —Shaoquan Lake, Meishan Road, Shihe Road y Lu'an Road— con 18.194 estudiantes de tiempo completo (incluidos 2.673 estudiantes de doctorado y maestría), 17 facultades y departamentos de segundo nivel (incluidos 3 hospitales directamente afiliados) y 7 hospitales no afiliados directamente.