A Anhui University of Chinese Medicine foi fundada em 1959; sua predecessora foi a Turma de Formação em Medicina Tradicional Chinesa da Província de Anhui, estabelecida em 1952. Em 1959, o governo provincial de Anhui aprovou oficialmente a criação da Anhui College of Traditional Chinese Medicine. Em 1970, a faculdade foi incorporada à Anhui Medical College. Em 1975, o Ministério da Educação aprovou sua restauração. Em 2000, a Anhui Medical School foi incorporada. Em 2011, o governo provincial aprovou a criação da Anhui Academy of Chinese Medicine Sciences com base nela. Em 2013, o Ministério da Educação aprovou sua renomeação para Anhui University of Chinese Medicine.

The university is a national TCM clinical research base, a national TCM international cooperation base and a national drug clinical research base, authorized to confer doctoral degrees and recommend master's students without entrance exams. It has four campuses—Shaoquan Lake, Meishan Road, Shihe Road and Lu'an Road—with 18,194 full-time students (including 2,673 doctoral and master's students), 17 secondary colleges and departments (including 3 directly affiliated hospitals) and 7 non-directly affiliated hospitals.